由于普通飲水機不含抑制細菌功能，使得灰塵病菌可以通過水、氣交換，造成對飲水機的污染。據測定，長期使用的飲水機含細菌高達500個/ml，甚至更高。因此，為了保證衛生，飲水機最好每隔兩個月就要清洗一次。

清洗飲水機前，應先切斷機器電源，根據消毒劑的使用方法配置好待用；開啟水龍頭，放盡膽中冷水；再拆下飲水機的聰明座，使冷水膽暴露在外；拿干凈的軟布在飲用水中浸濕擠干后，擦去水膽中的沉淀物，擦凈聰明座內部；蓋好聰明座，將水桶按上；開啟熱水龍頭，待有水流出后關閉；再取下水桶，將加入消毒劑的瓶子插入聰明座；開啟熱水龍頭，放出適量的水，使消毒劑全部流入機內；5分鐘后，拔出空瓶，打開熱水龍頭將水放完；再隔10分鐘，打開冷水龍頭將水放完；然后旋開機器背后的放水閥，將內部含有消毒劑的水全部放出，最后旋緊水閥。此時，飲水機內部的消毒過程全部完成。